Eclipse : Diagrama Entidad - Relacion | Instalacion de ER Master

Si Eclipse es tu IDE y quisieras tener todo en él pero sientes que te falta un buen diseñador de Base de Datos que te facilite, bueno si bien existen muchos que pueden ayudarte como por ejemplo Mysql Workbench.
Ahora puedes usar uno con las funcionalidades básicas que necesitas y más.
Este es ERMaster, el cual es un desarrollo OpenSource.